У 2000 році за ініціативи міського голови Тернополя Анатолія Кучеренка на базі Педагогічного ліцею Педагогічного університету було створено команду «Тернопіль-Нива-2», яка стала фарм-клубом тернопільської «Ниви». В сезонах 2000/01 і 2001/02 років команда виступала у другій лізі (в першому сезоні посіла 11 місце з 16 команд, а наступного - 15 з 19-ти). На початку 2002 року команда змінила назву на ФК «Тернопіль». За підсумками сезону 2001/02 років «Нива» вибула з першої ліги, і у зв’язку з цим ФК «Тернопіль», як фарм-клуб, втратив професійний статус і був розформований.
З 2003 року команда під назвою «Буревісник» почала виступати у вищій лізі Тернопільської області, представляючи Тернопільський педагогічний університет. 16 травня 2007 року команда відділилася від «Ниви» і оформилася у окремий клуб - «Тернопіль-Буревісник». В тому ж році команда здобула перший трофей - стала чемпіоном області.
Менш багатим на титули видався для команди 2008 рік. Втративши кілька основних гравців основи (Степан Клекот, Андрій Дубчак, Ігор Козелко та Михайло Горліцький поповнили ряди друголігового «Поділля», яке в тому сезоні зайняло третю сходинку в першості), за весь рік команда спромоглась здобути лише суперкубок області, здолавши теребовлянський «Бровар» з рахунком 3:1.
2009 рік став тріумфальним для клубу: в травні підопічні Василя Івегеша та Анатолія Назаренка здобули срібні нагороди чемпіонату України серед студентів, програвши у серії післяматчевих пенальті івано-франківському «Факелу». А згодом «Тернопіль» здобув титул чемпіона Європи серед студентів, обігравши у фіналі той же «Факел» - 1:0. Крім того, в цьому році команда зробила «золотий дубль», ставши чемпіоном і володарем кубка області.
Наступного року тернопільські футболісти знову стали срібними призерами чемпіонату України серед студентів (тернополяни поступились по-пенальті київському «МАУП-Єдність»), а в європейській першості здобули бронзові нагороди (команда в півфіналі поступилась по-пенальті майбутньому переможцю - стамбульському «Халіку»). На обласній арені клуб виграв всі три трофеї - чемпіонство, кубок і суперкубок. Того ж року команда дебютувала в чемпіонаті України серед аматорів. Тернопільська команда зуміла вийти з групи до фінальної частини змагань, де програла всі три матчі.
Восени 2011 року, після того як команда втретє поспіль виграла чемпіонат області, депутати Тернопільської міської ради прийняли рішення створити юридичну особу - комунальне підприємство «Футбольний клуб «Тернопіль», після чого клуб подав до ПФЛ України заявку на проходження процедури атестування, щоб отримати можливість взяти участь у другій лізі чемпіонату України.
У червні 2012 року заявку клубу в ПФЛ було прийнято, і «Тернопіль» включили до складу учасників другої ліги в сезоні 2012/2013 рр. В цьому ж сезоні «Тернопіль» посів 4-е місце в групі «А» другої ліги. А в минулому сезоні тернопільська команда вже завоювала бронзові нагороди другої ліги. Цей результат дозволив нашим суперникам підвищитися в класі.

ФК «Тернопіль», на разі, брав участь і в трьох розіграшах Кубка України. Так, у сезоні 2012/13 років на першому попередньому етапі тернопільська команда зазнала поразки з рахунком 1:3 в Херсоні від місцевого «Кристалу». Минулого сезону виступ в Кубку України був більш вдалим: на стадії другого попереднього етапу була гостьова перемога над білоцерківським «Арсеналом» (1:0), в 1/16 фіналу вдома переможена «Полтава» (4:3), а в 1/8 фіналу «Тернопіль» в серії післяматчевих пенальті пройшов «Ворсклу» (1:1, по пенальті 3:1). В підсумку команда дійшла до чвертьфіналу, де мінімально поступився одеському «Чорноморцю» (0:1). В нинішньому сезоні на першому попередньому етапі Кубку України «Тернопіль» здолав «Єдність» (1:0), а в 1/16 фіналу у драматичній серії післяматчевих пенальті програв «Олександрії» (1:1, по пенальті 3:4).

ФК «Тернопіль» доволі вдало проводить нинішній сезон. Із 36 очками футболісти з однойменного міста наразі посідають четверту сходинку в турнірній таблиці.

Матч, що має відбутися 17 квітня, в історії взаємовідносин «Зірки» та ФК «Тернопіль» стане другим. Дебютна зустріч відбулася нинішнього чемпіонату у 10 турі в Кіровограді. Тоді наші футболісти розгромили гостей із рахунком 5:1, створивши найбільшу сенсацію туру. У складі «Зірки» в тому матчі забивали: Григорій Баранець, Артем Щедрий, АндрійБацула, Іван Рудницький. П’яте взяття воріт тернополян тоді відбулося завдяки автоголу Степана Клекота.